25 червня 1946 р. — заарештований та засуджений на 10 років ув’язнення, яке відбував у Воркуті.

Помер 12 листопада (за іншою інформацією — 5 листопада) 1950 р. у с. Абезь біля Воркути. Мощі блаженного зберігаються у храмі Різдва Пресвятої Богородиці у Львові.

Після захоплення Берліну більшовиками о. Вергун не переніс осідок до Мюнхена, хоча мав таку можливість. «Поки хоча б один українець в Берліні, я залишуся тут», — наголошував він.

21 червні 1945 р. о. Петра заарештували і без суду вивезли до СРСР. 1946 року в Києві його засудили до 8 років позбавлення волі в тюрмах ГУЛАГу.

22 червня 1952 року — звільнений з каторжних робіт. Від 1953 року відбував заслання у селищі Ангарське Красноярського краю. 1954 року переніс операцію на шлунку.

7 лютого 1957 р. він помер. Тіло поховали на березі річки Ангари.

26 липня 2004 року мощі о. Петра Вергуна прибули в Україну. 23 серпня 2004 року їх перенесли до кафедрального храму Успіння Пресвятої Богородиці у Стрию.

Арештовано його у ніч з 20 на 21 грудня 1940 р. У камері, де він перебував ув’язнення було 32 в’язні (при тому, що розмір камери був 4,2 на 3,5 м.). Серед цих співбратів він не припиняв виконувати свої душпастирські обов’яки.

У 1941 р. розп’ятий на стіні тюремного коридору на вул. Замарстинівській у Львові, у черево священику кати-нелюди вклали тіло недоношеної дитини.

11 квітня 1945 року ув’язнений більшовицькою владою на 8 років каторжної праці у Сибіру.

Після 5 років ув’язнення він помер 1 жовтня 1949 р. у таборі Караганди. Його тіло вивезли в ліс для поїдання дикими звірами — так робили з тілами усіх в’язнів. Коли зранку наступного дня в’язні прийшли поглянути на тіло єпископа, то знайшли лише шматок з рукава його сорочки.