Перед святом Божого Тіла 1939 року вона склала заповіт, який закінчувався словами: "Уже тепер приймаю таку смерть, яку для мене визначив Бог, повністю і з радістю віддаючись Його волі. Прошу Господа, аби Він захотів прийняти мої життя і смерть на свою честь і славу за всі справи Найсвятішого Серця Ісусового і Марії, за святу Церкву, за збереження, освячення і досконалість нашого святого Ордену, за Кармель у Кельні та Ехті, як відкуплення за невірство жидівського народу, щоб Господь був прийнятий своїми, щоб прийшло Його Царство у славі, за випрошення спасіння для Німеччини, за мир на землі і, нарешті, за моїх близьких, живих і померлих, яких мені дав Бог, щоб ніхто з них не загинув".

1 вересня 1939 року Гітлер розпочав Другу світову війну нападом на Польщу. Через два тижні після цього сестра Венедикта написала неймовірно вражаючої сили есе "Вітаю Хрест - нашу останню надію", в якому підкреслила, що молитвою і співчутливою любов'ю можна нести допомогу пораненим, вмираючим і осиротілим дітям.

1941 року фашисти окупували Голландію. Сестру Венедикту окупаційна влада змусила носити жовту зірку Давида з написом "жид" і регулярно відмічатися в гестапо. Вона ніколи не вітала гестаповців вигуком "Хайль Гітлер!". Одного разу відчула внутрішній імпульс чітко задекларувати, на якому боці барикади вона перебуває у цій битві, що точиться між Богом і сатаною, і тому привітала зустрічного гестапівця словами "Слава Ісусу Христу!". Офіцер буквально затерп із подиву, опустив голову і нічого не відповів. Під час свого перебування в Ехті сестра Венедикта написала останній, без сумніву, найцінніший свій твір "Знання Хреста". Це геніальне дослідження богословія святого Йоана Хреста.

26 червня 1942 року голландський єпископат видав пастирське послання з протестом проти депортації жидів, виключення жидівських дітей із єдиних доступних для них католицьких шкіл. Гітлерівська влада наказала єпископам відкликати протест. Але, на відміну від протестантських пасторів, католицькі єпископи не лише не відкликали послання, але й рекомендували читати в усіх храмах сповнену погроз телеграму, отриману ними від окупаційної влади. У відповідь гітлерівці в неділю, 2 серпня 1942 року, заарештували всіх католиків жидівського походження, які перебували на території Голландії. Серед заарештованих були с. Венедикта та її сестра Роза Штайн. Перед відправленням до Освенцима вони кілька днів перебували на території Голландії в таборі, де с. Венедикта розраджувала в'язнів і підтримувала їх на дусі. Усвідомлюючи, що незабаром її очікує смерть, с. Венедикта тим не менше випромінювала радість. 7 серпня у вагонах для худоби їх із сестрою повезли до Освенцима. Дорога тривала три дні. Сестра Венедикта до кінця своїх днів носила кармелітське чернече облачення. Швидше за все одразу ж після прибуття в Освенцим її відправили до газової камери, а тіло спалили в крематорії. На місці мученицької смерті Едіти Штайн встановлена металева дошка з цитатою із її творів, яка розпочинається словами: "Любов буде нашим вічним життям...".

Едіта Штайн, навернена атеїстка, кармелітка, один із найвидатніших умів ХХ століття, вчений-філософ і одночасно свята, завершила свою життєву мандрівку 9 серпня 1942 року. До лику блаженних зарахована в Кельні 1 травня 1987 року, канонізована в Римі 11 жовтня 1998 року. Роком пізніше проголошена співпокровителькою Європи.

Свідоцтво її віри і її твори сьогодні надзвичайно актуальні: "Не потрібно, аби наприкінці життя ми шукали доказів правосильності релігійного досвіду. Але нам потрібно висловитися "за" чи "проти" Бога. Цього Він від нас вимагає: відважитися, не отримавши взамін жодної гарантії. Це - величезний ризик віри. Дорога провадить від віри до бачення, не навпаки. Той, хто занадто гордий, аби протискатися через такі вузькі ворота, залишається поза ними. Той же, хто дістається на другий бік, ще за життя осягає повнішої ясності і починає розуміти істинність максими: Сredo et intelligam - Вірю і розумію. Гадаю, що небагато пощастить досягти на шляху переживань, що фігурують і конструюються в уяві. Христос не залишив нас тут сиротами. Він послав нам Свого Духа, аби Той привів нас до повної істини. Він заснував Свою Церкву, яку провадить Його Дух, і дав нам на землі Свого намісника, устами якого звертається до нас Святий Дух. Він об'єднав усіх віруючих у Церкві і забажав від нас відповідальності один за одного. Таким чином, ми не самотні, і коли ми втрачаємо довіру до свого розпізнавання і навіть до своєї молитви, нам на допомогу приходить сила, що випливає із послуху Церкві і з віри в заступництво інших".

Свята Едіто, молися за нашу Європу, що знемагає у боротьбі проти самознищення! Молися за свій народ і за всіх нас!